Эндоскелет более прогрессивный (увеличивает скорость перемещения животного за счёт большой специализации отдельных мышц и их групп, растёт вместе с животным). Развитие эндоскелета:
хорда сохраняется в течение всей жизни у низших хордовых (ланцетника);
у высших хордовых (позвоночных) хорда замещается позвоночником; появляется подвижное соединение шейных позвонков; череп и его дифференцировка на мозговой и лицевой отделы, развитие мозгового отдела; скелеты конечностей и их пояса; грудная клетка; сложная мускулатура; появление частных приспособлений в связи с полётом у птиц, вторичной утратой конечностей у змей и прочее.