Классификация водорослей вызывает много споров: разными авторы относят те или иные водоросли к разным царствам эукариот (за исключением сине-зелёных водорослей, которые относятся к прокариотам).
В настоящее время выделяют:
зелёные и харовые водоросли (растения);
красные и глаукофитовые водоросли (растения либо хромисты);
охрофитовые (бурые, жёлто-зелёные и золотистые);
диатомовые, динофитовые, криптофитовые водоросли (протисты либо хромисты, реже растения);
эвгленовые водоросли (протисты, растения либо животные).
Бурые водоросли кроме зелёного пигмента хлорофилла содержат оранжевый, желтый и бурый пигменты. Обитают в морях, имеют нитевидные, шаровидные, пластинчатые, кустообразные слоевища. Представители:
ламинария (морская капуста);
цистозейра.
Красные водоросли кроме хлорофилла содержат красные и синие пигменты. Морские, обладают нитевидным, цилиндрическим, пластинчатым и кораллоподобным слоевищем. Представители: